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黄捷

黄捷

黄捷

  • 研究员、博士生导师
  • jiehuang001@pku.edu.cn
  • 北京市海淀区学院路38号
  • 北京大学
个人简介

黄捷,博士,研究员,博士生导师,现任奔驰宝马娱乐全球卫生系研究员、深圳华大基因荣誉教授、哈佛大学医学院自闭症研究中心兼职研究员。先后获得北京大学医学学士、北京体育大学运动营养学硕士、美国密西根大学信息科学硕士、美国北卡大学卫生管理学硕士、英国剑桥大学生物科学博士。曾任哈佛大学医学院讲师,美国退伍军人事务部波士顿荣军医院资深科学家、人群研究中心生物信息学主任。

黄捷博士在健康医疗大数据和生物信息学领域有十余年的西方著名研究机构的研究经验,有广阔的国际视野,和丰富的大型科研项目实战经验。在国际著名学术期刊发表文章50余篇,其中包括在《自然》、《自然通讯》、《血液》、《生物信息》、《美国精神疾病杂志》上发表的第一作者和通讯作者的文章10余篇,并主持了其中的大型国际合作课题的大数据分析。个人著作《基因的名义》一书于20189月获北京市科普创作基金奖励,在201812月,入选中华优秀科普图书榜中的成人原创榜单。


主要研究方向

1. 全球卫生大数据:负责本科生课程《全球卫生大数据》的教学,负责北京大学全球卫生研究院下设全球卫生大数据中心。该中心的重点研究领域包括:(1)基于“全球卫生网络”的全球卫生政策研究;(2)“健康丝绸之路”框架下以大数据为基础的生物安全战略与公共卫生监测;(3)基于大数据和人工智能的传染病预警与预测研究;(4)基于高分卫星和5G网络的医疗急救体系优化与智慧型韧性城市研究。

2. 慢性疾病全基因组关联研究(GWAS)。拥有美国Framingham Heart Study, 英国 UK Biobank 等大队列的原始数据和分析流程。关注的疾病包括心血管疾病、肥胖、老年痴呆症,等。

3. 自闭症和罕见遗传病的高通量基因测序大数据研究。采用国际上通用的生物信息软件系统(例如 GATK, VEP)和数据库(例如 ClinVAR, AutDB),通过完整的生物信息分析流程生成准临床级的自闭症和罕见遗传病的高通量基因测序大数据研究。

代表性科研项目

1.   北京大学全球卫生研究院全球卫生大数据中心建设项目。聚焦四大核心技术:(1)大数据融合;(2)基于人工智能的传染病预警技术;(3)高分卫星影像数据分析技术;(4)病毒基因和人类基因的生物信息分析技术。

2.   深圳市“医疗卫生三名工程”高层次医学团队项目—急救医疗体系及医疗优先分级调度系统建设项目。聚焦急症患者救治延迟模型构建及急救医疗体系优化策略研究。

3.   深圳市“医疗卫生三名工程”高层次医学团队项目—深圳市自闭症中心。负责自闭症的全基因组和全外显子测序数据分析和生物信息平台搭建。

4.   科技部“主动健康和老龄化科技应对”重点专项,营养、运动对老年健康的影响和干预作用。

 

10篇代表性论文

1.Du Y, Martin JS, McGee J, Yang Y, Liu EY, Sun Y, Geihs M, Kong X, Zhou EL, Li Y, Huang J, A SNP panel and online tool for checking genotype concordance through comparing QR codes. PLoS One. 2017 Sep 19;12(9). (corresponding author)

2.Iotchkova V, Huang J, Morris JA, Jain D, Barbieri C, Walter K, Min JL, Chen L, Astle W, Cocca M, Deelen P, Elding H, Farmaki AE, Franklin CS, Franberg M, Gaunt TR, Hofman A, Jiang T, Kleber ME, Lachance G, Luan J, Malerba G, Matchan A, Mead D, Memari Y, Ntalla I, Panoutsopoulou K, Pazoki R, Perry JRB, Rivadeneira F, Sabater-Lleal M, Sennblad B, Shin SY, Southam L, Traglia M, van Dijk F, van Leeuwen EM, Zaza G, Zhang W; UK10K Consortium., Amin N, Butterworth A, Chambers JC, Dedoussis G, Dehghan A, Franco OH, Franke L, Frontini M, Gambaro G, Gasparini P, Hamsten A, Issacs A, Kooner JS, Kooperberg C, Langenberg C, Marz W, Scott RA, Swertz MA, Toniolo D, Uitterlinden AG, van Duijn CM, Watkins H, Zeggini E, Maurano MT, Timpson NJ, Reiner AP, Auer PL, Soranzo N. Discovery and refinement of genetic loci associated with cardiometabolic risk using dense imputation maps. Nature Genetics. 2016 Nov;48(11):1303-1312.

3.UK10K Consortium., Walter K*, Min JL*, Huang J*, Crooks L*, Memari Y, McCarthy S, Perry JR, Xu C, Futema M, Lawson D, Iotchkova V, Schiffels S, Hendricks AE, Danecek P, Li R, Floyd J, Wain LV, Barroso I, Humphries SE, Hurles ME, Zeggini E, Barrett JC, Plagnol V, Richards JB, Greenwood CM, Timpson NJ, Durbin R, Soranzo N. The UK10K project identifies rare variants in health and disease. Nature. 2015 Oct 1;526(7571):82-90. (co-first author)

4.Huang J, Howie B, McCarthy S, Memari Y, Walter K, Min JL, Danecek P, Malerba G, Trabetti E, Zheng HF; UK10K Consortium., Gambaro G, Richards JB, Durbin R, Timpson NJ, Marchini J, Soranzo N. Improved imputation of low-frequency and rare variants using the UK10K haplotype reference panel. Nature Communications. 2015 Sep 14;6:8111

5.Huang J, Huffman JE, Yamakuchi M, Trompet S, Asselbergs FW, Sabater-Lleal M, Trégou?t DA, Chen WM, Smith NL, Kleber ME, Shin SY, Becker DM, Tang W, Dehghan A, Johnson AD, Truong V, Folkersen L, Yang Q, Oudot-Mellkah T, Buckley BM, Moore JH, Williams FM, Campbell H, Silbernagel G, Vitart V, Rudan I, Tofler GH, Navis GJ, Destefano A, Wright AF, Chen MH, de Craen AJ, Worrall BB, Rudnicka AR, Rumley A, Bookman EB, Psaty BM, Chen F, Keene KL, Franco OH, B?hm BO, Uitterlinden AG, Carter AM, Jukema JW, Sattar N, Bis JC, Ikram MA; Cohorts for Heart and Aging Research in Genome Epidemiology (CHARGE) Consortium Neurology Working Group., Sale MM, McKnight B, Fornage M, Ford I, Taylor K, Slagboom PE, McArdle WL, Hsu FC, Franco-Cereceda A, Goodall AH, Yanek LR, Furie KL, Cushman M, Hofman A, Witteman JC, Folsom AR, Basu S, Matijevic N, van Gilst WH, Wilson JF, Westendorp RG, Kathiresan S, Reilly MP; CARDIoGRAM Consortium., Tracy RP, Polasek O, Winkelmann BR, Grant PJ, Hillege HL, Cambien F, Stott DJ, Lowe GD, Spector TD, Meigs JB, Marz W, Eriksson P, Becker LC, Morange PE, Soranzo N, Williams SM, Hayward C, van der Harst P, Hamsten A, Lowenstein CJ, Strachan DP, O'Donnell CJ; CHARGE Consortium Hemostatic Factor Working Group.. Genome-wide association study for circulating tissue plasminogen activator levels and functional follow-up implicates endothelial STXBP5 and STX2. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2014 May;34(5):1093-101.

6.Huang J, Liu EY, Welch R, Willer C, Hindorff LA, Li Y. WikiGWA: an open platform for collecting and using genome-wide association results. European Journal of Human Genetics. 2013 Apr;21(4):471-3.

7.Huang J, Sabater-Lleal M, Asselbergs FW, Tregouet D, Shin SY, Ding J, Baumert J, Oudot-Mellakh T, Folkersen L, Johnson AD, Smith NL, Williams SM, Ikram MA, Kleber ME, Becker DM, Truong V, Mychaleckyj JC, Tang W, Yang Q, Sennblad B, Moore JH, Williams FM, Dehghan A, Silbernagel G, Schrijvers EM, Smith S, Karakas M, Tofler GH, Silveira A, Navis GJ, Lohman K, Chen MH, Peters A, Goel A, Hopewell JC, Chambers JC, Saleheen D, Lundmark P, Psaty BM, Strawbridge RJ, Boehm BO, Carter AM, Meisinger C, Peden JF, Bis JC, McKnight B, ?hrvik J, Taylor K, Franzosi MG, Seedorf U, Collins R, Franco-Cereceda A, Syv?nen AC, Goodall AH, Yanek LR, Cushman M, Müller-Nurasyid M, Folsom AR, Basu S, Matijevic N, van Gilst WH, Kooner JS, Hofman A, Danesh J, Clarke R, Meigs JB; DIAGRAM Consortium., Kathiresan S, Reilly MP; CARDIoGRAM Consortium., Klopp N, Harris TB, Winkelmann BR, Grant PJ, Hillege HL, Watkins H; C4D Consortium., Spector TD, Becker LC, Tracy RP, M?rz W, Uitterlinden AG, Eriksson P, Cambien F; CARDIOGENICS Consortium., Morange PE, Koenig W, Soranzo N, van der Harst P, Liu Y, O'Donnell CJ, Hamsten A. Genome-wide association study for circulating levels of PAI-1 provides novel insights into its regulation. Blood. 2012 Dec 6;120(24):4873-81.

8.Huang J, Ellinghaus D, Franke A, Howie B, Li Y. 1000 Genomes-based imputation identifies novel and refined associations for the Wellcome Trust Case Control Consortium phase 1 Data. European Journal of Human Genetics. 2012 Jul;20(7):801-5.

9.Huang J, Johnson AD, O'Donnell CJ. PRIMe: a method for characterization and evaluation of pleiotropic regions from multiple genome-wide association studies. Bioinformatics. 2011 May 1;27(9):1201-6.

10.Huang J, Perlis RH, Lee PH, Rush AJ, Fava M, Sachs GS, Lieberman J, Hamilton SP, Sullivan P, Sklar P, Purcell S, Smoller JW. Cross-disorder genomewide analysis of schizophrenia, bipolar disorder, and depression. American Journal of Psychiatry. 2010 Oct;167(10):1254-63.